El Laboratorio de Salud de Ecosistemas, es una unidad que realiza investigación en múltiples áreas tales como la genética, microbiología, parasitología, ecología trófica, biología molecular y patología, orientados a la solución de problemáticas ambientales, manejo de recursos naturales, desarrollo sustentable y la conservación de la biodiversidad.

En el laboratorio se ejecutan diversos proyectos concursables nacionales e internacionales de alta competitividad. Además se realizan tesis y docencia de las carreras de Biología Marina, Medicina Veterinaria, Ingeniería Ambiental y el Doctorado en Medicina de la Conservación, apoyando cursos tales como microbiología, parasitología, ictiología, fisiología, reproducción, geología y suelos, zoonosis, enfermedades emergentes, agricultura sustentable, patobiología molecular, entre otros.

Creado el año 2005 y con 172 m2 el laboratorio está compuesto por una sala para clases practicas, sala de cultivo, sala de microscopía, sala de PCR, una área limpia, wet lab, sala de refrigeración y una oficina de técnicos de laboratorio.